Поиск перекрытий между наборами интервалов / Эффективное объединение перекрытий

19

Обзор:

Мне нужно объединить две таблицы:

ref содержит временные интервалы (от t1 до t2 ) вместе с id для каждого интервала и space , где этот интервал встречается.

map содержит временные интервалы ( t1 to t2 ), каждый из которых имеет результат res и соответствующий ему space .

Я хочу получить / соединить все интервалы (и их оценку) map , которые попадают в интервалы в ref на ref .

Пример:

ref <- data.table(space=rep('nI',3),t1=c(100,300,500),t2=c(150,400,600),id=letters[1:3])

map <- data.table(space=rep('nI',241),t1=seq(0,1200,by=5),t2=seq(5,1205,by=5),res=rnorm(241))

они выглядят так:

> ref
space  t1  t2 id
1:    nI 100 150  a
2:    nI 300 400  b
3:    nI 500 600  c

> map
space   t1   t2        res
1:    nI    0    5 -0.7082922
2:    nI    5   10  1.8251041
3:    nI   10   15  0.2076552
4:    nI   15   20  0.8047347
5:    nI   20   25  2.3388920
---                           
237:    nI 1180 1185  1.0229284
238:    nI 1185 1190 -0.3657815
239:    nI 1190 1195  0.3013489
240:    nI 1195 1200  1.2947271
241:    nI 1200 1205 -1.5050221

(ОБНОВЛЕНИЕ) Решение

  • ?data.table::foverlaps является ключевым здесь.

Мне нужно соединить все map интервалы, которые происходят "within" , интервалы ref , и меня не интересуют интервалы, которые не соответствуют этому ключу, поэтому используйте nomatch=0L .

setkey(ref,space,t1,t2)

foverlaps(map,ref,type="within",nomatch=0L)

, который дает:

space  t1  t2 id i.t1 i.t2         res
1:    nI 100 150  a  100  105 -0.85202726
2:    nI 100 150  a  105  110  0.79748876
3:    nI 100 150  a  110  115  1.49894097
4:    nI 100 150  a  115  120  0.47719957
5:    nI 100 150  a  120  125 -0.95767896
6:    nI 100 150  a  125  130 -0.51054673
7:    nI 100 150  a  130  135 -0.08478700
8:    nI 100 150  a  135  140 -0.69526566
9:    nI 100 150  a  140  145  2.14917623
10:    nI 100 150  a  145  150 -0.05348163
11:    nI 300 400  b  300  305  0.28834548
12:    nI 300 400  b  305  310  0.32449616
13:    nI 300 400  b  310  315  1.16107248
14:    nI 300 400  b  315  320  1.08550676
15:    nI 300 400  b  320  325  0.84640788
16:    nI 300 400  b  325  330 -2.15485447
17:    nI 300 400  b  330  335  1.59115714
18:    nI 300 400  b  335  340 -0.57588128
19:    nI 300 400  b  340  345  0.23957563
20:    nI 300 400  b  345  350 -0.60824259
21:    nI 300 400  b  350  355 -0.84828189
22:    nI 300 400  b  355  360 -0.43528701
23:    nI 300 400  b  360  365 -0.80026281
24:    nI 300 400  b  365  370 -0.62914234
25:    nI 300 400  b  370  375 -0.83485164
26:    nI 300 400  b  375  380  1.46922713
27:    nI 300 400  b  380  385 -0.53965310
28:    nI 300 400  b  385  390  0.98728765
29:    nI 300 400  b  390  395 -0.66328893
30:    nI 300 400  b  395  400 -0.08182384
31:    nI 500 600  c  500  505  0.72566100
32:    nI 500 600  c  505  510  2.27878366
33:    nI 500 600  c  510  515  0.72974139
34:    nI 500 600  c  515  520 -0.35358019
35:    nI 500 600  c  520  525 -1.20697646
36:    nI 500 600  c  525  530 -0.01719057
37:    nI 500 600  c  530  535  0.06686472
38:    nI 500 600  c  535  540 -0.40866088
39:    nI 500 600  c  540  545 -1.02697573
40:    nI 500 600  c  545  550  2.19822065
41:    nI 500 600  c  550  555  0.57075648
42:    nI 500 600  c  555  560 -0.52009726
43:    nI 500 600  c  560  565 -1.82999177
44:    nI 500 600  c  565  570  2.53776578
45:    nI 500 600  c  570  575  0.85626293
46:    nI 500 600  c  575  580 -0.34245708
47:    nI 500 600  c  580  585  1.21679869
48:    nI 500 600  c  585  590  1.87587020
49:    nI 500 600  c  590  595 -0.23325264
50:    nI 500 600  c  595  600  0.18845022
space  t1  t2 id i.t1 i.t2         res
    
задан npjc 12.09.2014 в 20:59
источник

1 ответ

16

Ха, приятное время :). Всего несколько дней назад было реализовано объединение перекрытий (или интервальных объединений). в data.table Функция foverlaps() и доступна на странице проекта github . Обязательно посмотрите ?foverlaps .

setkey(ref, space, t1, t2)
foverlaps(map, ref, type="within", nomatch=0L)

Я думаю, что это то, что тебе нужно. Это приведет к результату объединения только там, где есть совпадение, и будет проверять, что t1,t2 перекрывается между ref и map внутри идентификатора space . Если вы этого не хотите, просто удалите space из столбца ключа. И если вы хотите все совпадения, удалите nomatch=0L - значение по умолчанию - nomatch=NA , которое возвращает все.

Функция является новой (но была тщательно протестирована) и поэтому не является полной. Если у вас есть предложения по улучшению или какие-либо проблемы, пожалуйста, напишите о проблеме.

    
ответ дан Arun 13.09.2014 в 03:03
  • Фантастический. изменил название, чтобы отразить ваш внедренный vocab. –  npjc 13.09.2014 в 03:21